土壤微生物是指在土壤中生活着的种类繁多的微生物,如细菌、放线菌、真菌、土壤藻类和微小动物等.土壤微生物有些对农业有益,有些却是有害的,土壤微生物是土壤中一个非常重要的组成成分,它对土壤性质、土壤肥力的形成及作物生长都有很重要的作用.首先,在土壤的形成中,其实质是土壤有机质的合成和分解,而有机质的合成和分解都有微生物的参与.微生物是土壤有机质积累的先锋,同时,有机质的分解更离不开微生物的作用.由于微生物分解有机质释放养分的作用,就将地壳中有限的营养元素能周而复始的利用,保证整个植物生长发育对养分无限的要求.在培肥土壤过程中使用各种措施使土壤更适于植物生长的要求,而这些措施主要靠微生物来参加作用.所以通过农业措施来培肥土壤的过程,即农业土壤熟化的过程,很多方面也就是调节土壤微生物活动的过程,如耕作、施肥、灌水、排水等措施都适当地调节了微生物的生态环境,促进有益微生物朝着培肥地力的方向发展,提高土壤肥力；其次,对于植物生长所需的营养物质的转化,微生物也起着非常重要的作用.空气中的二氧化碳和土壤里氮、磷、钾等都是限的,要使这些有限的元素变成无限,源源不断地供给植物需要,主要靠土壤微生物对这些元素的转化作用.如碳素,空气中二氧化碳含量仅0.03％,要使植物吸收的二氧化碳循环利用,主要靠微生物分解动植物尸体,将二化碳释放出来补充大气中的二氧化碳量；至于土壤中的二氧化碳,其中测有80－85％是由微生物分解有机质产生的,而这些二氧化碳可增加土壤溶液中氢离子浓度,促进土壤矿物溶解；又如氮素,在成土母质中是没有的,而在空气中却含有很大量的一般植物不能利用的氮气,这主要靠固氮微生物的生命活动及时对有机质的分解,发生着能量的转化,并常释放出一定热量.这对增高土温,促进土壤中其他生命活动和物质转化的进行都有一定的重要性；另外,很多微生物在其生命活动过程中,产生维生素、生长素、氨基酸等物质,能被植物直接吸收利用,促进或刺激植物生长,但要注意也有的微生物会分泌有毒物质,抑制植物生长或使植物中毒,特别是连茬种植同一种作物的情况下,由于毒素的积累,会引起作物减产,应通过轮作换茬,调整土壤微生物区系,改善土壤微生物、高等植物和土壤三者的关系.