A、脂蛋白的合成一般发生在肝脏细胞,脂类加上载脂蛋白就构成了脂蛋白.在核糖体合成的蛋白质,需要在内质网加工修饰变成脂蛋白,所以脂蛋白的合成发生在细胞内的细胞器,A不选;
B、抗体是由抗原刺激B细胞增值分化形成的浆细胞产生的,可以和抗原特异性结合的免疫球蛋白.抗体是体液免疫的重要免疫活性物质,其与抗原特异性结合发生在细胞外液,所以抗体杀灭抗一定不发生在细胞器,B选项正确;
C、水解酶消化异物或碎片可以发生在溶酶体,所以B不选;
D、丙酮酸的彻底氧化分解发生于有氧呼吸的第二和第三阶段,在线粒体的基质和线粒体内膜发生,所以D不选.
故选:B.